주제주 일본국 총영사관(일본어: 在済州日本国総領事館)은 일본 정부가 대한민국 제주특별자치도 제주시에 설치한 총영사관이다. 1991년 1월 당시 개설 당시 재대한민국일본국대사관 제주주재관사무소를 시초로 설치되었다가 1997년 1월 지금의 명칭으로 승격하여 오늘에 이르고 있다. 현임 총영사는 다케다 가츠토시(일본어: 武田 克利)이다.